A causa della sovrapposizione spettrale dei fluorocromi nei vari detector, prima dell'acquisizione è necessario effettuare la procedura di compensazione. Tramite la compensazione è possibile rimuovere il segnale di fluorescenza di un determinato fluorocromo da un detector non primario. Attraverso questo simulatore è possibile simulare la procedura di compensazione che normalmente verrebbe effettuata su uno strumento tipo BD FACSCalibur. Per effettuarla, seleziona ciascun campione a singola colorazione e prova a eseguire la compensazione.