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Next Generation Sequencing

COMPETENZE

STRUMENTAZIONI

TARIFFARIO

PUBBLICAZIONI

CONTATTI

Strumentazioni

Il Servizio di Genomica, Trascrittomica e Microbioma Profiling utilizza tecnologie all’avanguardia per l’analisi del DNA, dell’RNA e del microbioma, supportando progetti di ricerca in ambito biomedico, ambientale e biotecnologico.

La strumentazione presente all’interno dei laboratori del Servizio permette di sviluppare un flusso di analisi completo, che include estrazione, controllo di qualità e quantificazione degli acidi nucleici, preparazione automatizzata di librerie NGS e sequenziamento con sequenziatori di ultima generazione.

L’insieme di queste strumentazioni e delle competenze specifiche presenti all’interno del Servizio permette di garantire risultati altamente accurati per l’analisi di diverse tipologie di campioni.

NextSeq 500

Sequenziatore NGS che utilizza la tecnologia di sequenziamento per sintesi (SBS). I tempi rapidi di esecuzione, l’elevata capacità di throughput e la flessibilità lo rendono ideale per una vasta gamma di applicazioni genomiche.


SPECIFICHE TECNICHE

  • Tecnologia di sequenziamento: Sequencing by Synthesis, SBS

  • Modalità di sequenziamento: Single-End / Paired-End

  • Generazione di fino a 800 milioni di reads per corsa (in modalità paired-end)

  • Lunghezza delle reads fino a150 bp

  • Capacità di sequenziamento: fino a 120 Gb di dati per corsa

Ion GeneStudio S5

Sequenziatore NGS che utilizza la tecnologia di sequenziamento a semiconduttori. Permette di eseguire una varietà di applicazioni con diversi flussi di lavoro, costi operativi ridotti e tempi di risposta rapidi, risultando adatto sia in ambito di ricerca che clinico. 


SPECIFICHE TECNICHE

  • Tecnologia di sequenziamento: sequenziamento a semiconduttori

  • Modalità di sequenziamento: Single-End

  • Generazione di fino ad 80 milioni di reads per corsa

  • Lunghezza delle reads: fino a 400 bp

  • Capacità di sequenziamento: fino a 15 Gb di dati per corsa


Maxwell RSC

Il Maxwell RSC è un sistema di estrazione di acidi nucleici automatizzato adatto per una vasta gamma di applicazioni e campioni biologici. Garantisce un'estrazione di acidi nucleici rapida, affidabile e di alta qualità. 


SPECIFICHE TECNICHE

  • Tecnologia di estrazione basata su particelle magnetiche

  • Permette di estrarre acidi nucleici da una vasta gamma di campioni, come sangue, tessuti, saliva, tamponi orali, colture cellulari e molto altro

  • Tempi di estrazione: 30-60 minuti, a seconda del tipo di campione e del protocollo utilizzato

  • Numero di campioni per corsa: da 1 a 16 campioni simultaneamente


Ion Chef System

Il sistema Ion Chef è una soluzione avanzata e automatizzata per la preparazione di librerie per sequenziamento NGS, adatto per laboratori di ricerca che lavorano con grandi volumi di campioni o che richiedono un flusso di lavoro ad alta produttività. E’ un sistema versatile, scalabile e compatibile con una vasta gamma di applicazioni NGS, dal sequenziamento di interi genomi, alla preparazione di librerie mirate. 


SPECIFICHE TECNICHE

  • Numero di campioni per corsa: Il sistema supporta fino a 12 campioni per corsa, a seconda del modello e del tipo di protocollo

  • Tipi di campioni: compatibile con una vasta gamma di campioni, inclusi DNA genomico, RNA e DNA/RNA da biopsie liquide


NanoDrop ND-1000

Spettrofotometro UV-Vis a microvolume progettato per misurare campioni di DNA, RNA e proteine con volumi ridotti. 


SPECIFICHE TECNICHE

  • Volume del campione: 1 µL

  • Gamma spettrale: 220-750 nm

  • Accuratezza della lunghezza d'onda: ±1 nm;

  • Accuratezza dell'assorbanza: ±3% (a 0,74 A a 350 nm)

  • Ripetibilità dell'assorbanza: ±0,002 A (a 0,7 A)

  • Limite di rilevazione (dsDNA): 2 ng/µL

  • Massima concentrazione misurabile (dsDNA): 3700 ng/µL




2100 Bioanalyzer / Tapestation 4150

Sistemi automatizzata per l'elettroforesi, utilizzati per il controllo qualità di campioni di DNA e RNA. Sono adatti per analizzare la dimensione, la quantità e l'integrità dei campioni, risultando ideale in flussi di lavoro come il sequenziamento di nuova generazione (NGS) o la biobanca, offrendo una valutazione analitica altamente precisa.


SPECIFICHE TECNICHE

Tipi di campioni analizzabili: RNA totale, piccoli RNA, DNA. 

 Sensibilità 2100 Bioanalyzer: 

  • RNA: 50 pg/µL in acqua or 200 pg/µL in TE

  • Small RNA: 50 pg di campione miRNA purificato oppure 10 ng di RNA totale

  • DNA: fino a 5 pg/µL per analisi di frammenti; 100 pg/uL per campioni di DNA complessi, come ad esempio librerie NGS


Sensibilità Tapestation 4150:

  • DNA: limite di rilevazione di 5 pg/µL per frammenti di DNA;

  • RNA: limite di rilevazione di 100 pg/µL per RNA totale.




LTTA

via Fossato di Mortara, 70

44121 Ferrara

Ingresso principale • Piazzale Eliporto 

TECNOPOLO DI FERRARA

Via Saragat, 13

44122 Ferrara

tecnopolo@unife.it

Tel. +39 0532 293261

LINK
  • Dip. di Medicina Traslazionale e per la Romagna

  • Dip. di Scienze dell'Ambiente e della Prevenzione 

CLUST-ER
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