Il Servizio di Genomica, Trascrittomica e Microbioma Profiling utilizza tecnologie all’avanguardia per l’analisi del DNA, dell’RNA e del microbioma, supportando progetti di ricerca in ambito biomedico, ambientale e biotecnologico.
La strumentazione presente all’interno dei laboratori del Servizio permette di sviluppare un flusso di analisi completo, che include estrazione, controllo di qualità e quantificazione degli acidi nucleici, preparazione automatizzata di librerie NGS e sequenziamento con sequenziatori di ultima generazione.
L’insieme di queste strumentazioni e delle competenze specifiche presenti all’interno del Servizio permette di garantire risultati altamente accurati per l’analisi di diverse tipologie di campioni.
Sequenziatore NGS che utilizza la tecnologia di sequenziamento per sintesi (SBS). I tempi rapidi di esecuzione, l’elevata capacità di throughput e la flessibilità lo rendono ideale per una vasta gamma di applicazioni genomiche.
Tecnologia di sequenziamento: Sequencing by Synthesis, SBS
Modalità di sequenziamento: Single-End / Paired-End
Generazione di fino a 800 milioni di reads per corsa (in modalità paired-end)
Lunghezza delle reads fino a150 bp
Capacità di sequenziamento: fino a 120 Gb di dati per corsa
Sequenziatore NGS che utilizza la tecnologia di sequenziamento a semiconduttori. Permette di eseguire una varietà di applicazioni con diversi flussi di lavoro, costi operativi ridotti e tempi di risposta rapidi, risultando adatto sia in ambito di ricerca che clinico.
Tecnologia di sequenziamento: sequenziamento a semiconduttori
Modalità di sequenziamento: Single-End
Generazione di fino ad 80 milioni di reads per corsa
Lunghezza delle reads: fino a 400 bp
Capacità di sequenziamento: fino a 15 Gb di dati per corsa
Il Maxwell RSC è un sistema di estrazione di acidi nucleici automatizzato adatto per una vasta gamma di applicazioni e campioni biologici. Garantisce un'estrazione di acidi nucleici rapida, affidabile e di alta qualità.
Tecnologia di estrazione basata su particelle magnetiche
Permette di estrarre acidi nucleici da una vasta gamma di campioni, come sangue, tessuti, saliva, tamponi orali, colture cellulari e molto altro
Tempi di estrazione: 30-60 minuti, a seconda del tipo di campione e del protocollo utilizzato
Numero di campioni per corsa: da 1 a 16 campioni simultaneamente
Il sistema Ion Chef è una soluzione avanzata e automatizzata per la preparazione di librerie per sequenziamento NGS, adatto per laboratori di ricerca che lavorano con grandi volumi di campioni o che richiedono un flusso di lavoro ad alta produttività. E’ un sistema versatile, scalabile e compatibile con una vasta gamma di applicazioni NGS, dal sequenziamento di interi genomi, alla preparazione di librerie mirate.
Numero di campioni per corsa: Il sistema supporta fino a 12 campioni per corsa, a seconda del modello e del tipo di protocollo
Tipi di campioni: compatibile con una vasta gamma di campioni, inclusi DNA genomico, RNA e DNA/RNA da biopsie liquide
Spettrofotometro UV-Vis a microvolume progettato per misurare campioni di DNA, RNA e proteine con volumi ridotti.
Volume del campione: 1 µL
Gamma spettrale: 220-750 nm
Accuratezza della lunghezza d'onda: ±1 nm;
Accuratezza dell'assorbanza: ±3% (a 0,74 A a 350 nm)
Ripetibilità dell'assorbanza: ±0,002 A (a 0,7 A)
Limite di rilevazione (dsDNA): 2 ng/µL
Massima concentrazione misurabile (dsDNA): 3700 ng/µL
Sistemi automatizzata per l'elettroforesi, utilizzati per il controllo qualità di campioni di DNA e RNA. Sono adatti per analizzare la dimensione, la quantità e l'integrità dei campioni, risultando ideale in flussi di lavoro come il sequenziamento di nuova generazione (NGS) o la biobanca, offrendo una valutazione analitica altamente precisa.
Tipi di campioni analizzabili: RNA totale, piccoli RNA, DNA.
Sensibilità 2100 Bioanalyzer:
RNA: 50 pg/µL in acqua or 200 pg/µL in TE
Small RNA: 50 pg di campione miRNA purificato oppure 10 ng di RNA totale
DNA: fino a 5 pg/µL per analisi di frammenti; 100 pg/uL per campioni di DNA complessi, come ad esempio librerie NGS
Sensibilità Tapestation 4150:
DNA: limite di rilevazione di 5 pg/µL per frammenti di DNA;
RNA: limite di rilevazione di 100 pg/µL per RNA totale.